Duke krijuar bazat «për reformimin e shkencës» në mënyrë të plotë antiskolastike, Bekoni u përpoq nëpërmjet metodës induktive, deriatëherë të papërfillur ta vinte tërë diturinë njerëzore në themele të reja. Njëkohësisht konsideronte se çdo «ndërmarrje intelektuale përfundon me aksion», kështu që çdo njohje edhe quhet me të drejtë «fillim i aksionit». Ndërkaq, edhe ata njerëz që u përpoqën t’i themelonin pavarësisht dituritë, nuk kishin guxim të ndahen nga ato që ishin përvetësuar më parë, por kënaqeshin me atë që në të ekzituaren të «futnin dhe të shtonin» diçka me kujdes. «Nuk ekziston askush» – ankohet Bekoni në parathënien e «Organonit të ri» – «që do të përqendrohej si duhet tek sendet dhe përvojat». Sepse, as vetëm me guxim nuk mund të arrihet shumë në qoftë së kjo bëhet vetëm «me zhurmë të zakonshme për të përmbysur të përparshmen». Godina e këtij universumi ende gjithnjë po i duket arsyes njerëzore si labirint, kurse mendimi dhe përvoja akoma nuk kanë gjetur një raport të harmonizuar, dhe Bekoni konsideronte se në këtë drejtim me rezultatet e veprës së vet ka bërë një kthesë të qenësishme. Nga ideja grandioze e tij e Restaurimit të madh (Instauratio magna), është realizuar, ndërkaq, vetëm një pjesë e tij, Organoni i ri. Si kundërshtar radikal i meditimeve sterile skolastike që janë të privuara nga çfarëdo diturish reale, Bekoni konsideronte se njohje të vërteta janë vetëm ato që njëmend e zgjerojnë fuqinë e njerëzve dhe «u shërbejnë interesave njerëzore». Te këto njohje nuk arrijmë nëpërmjet kurrfarë logjike të silogjizmave: «Logjika e cila përdoret, shërben më shumë për forcimin dhe vërtetimin e iluzioneve që themelohen në nocionet e zakonshme sesa në hulumtimin e së vërtetës: andaj është më shumë e dëmshme sesa e dobishme» («Organoni i ri»).
Për të pasur njohje të vërteta, njerëzit para së gjithash duhet të çlirohen nga paragjykimet e ndryshme, thellësisht të rrënjosura dhe të përhapura. Ekzistojnë katër lloje të paragjykimeye të tilla, të nocineve të rreme (ose të i d o l e v e). Idola tribus (idolet e fisit) janë paragjykime karakteristike për njeriun si pjesëtar i llojit njerëzor, domethënë ekzistojnë në vetë natyrën njerëzore, në ndijimet e tij, madje edhe në atë botën magjike-mitologjike e cila krijohet në bazë të frikës, të parandjenjës së turbullt, të dëshirës dhe të fantazisë. Idola specus (idolet e shpellës) bazohen në cilësitë individuale konkrete, në shprehitë që topitin fuqinë burimore të mendimit, në edukimin e shtrembëruar që i rrëmben njeriut aftësinë për dallimin e fantazmes nga realiteti, për të gjykuar pavarësisht dhe pa iu nënshtruar autoriteteve dhe traditës. Idola fori (idolet e sheshit) janë paragjykime që lindin në bazë të gjuhës, sepse fjalët që krijohen në mënyrë stihike si mjet për t’u marrë vesh inteligjencat më të thjeshta, shpeshherë janë burim i konfuzioneve të gabueshme. Idola theatri (idolet e teatrit) krijohen me rastin e pranimit jokritik dhe dogmatik të të gjitha tezave të disa autoriteve filozofike, në realitet të filozofëve të rremë (të cilët, sipas Bekonit, janë si racionalistët ose sofistët ashtu edhe empiristët dhe filozofët nën ndikimin e religjionit dhe të paragjykimeve të tjera). Vetëm pasi të çlirohen nga të gjitha këto paragjykime, dhe nëse mbështeten në përvojen dhe hedhin poshtë diturinë e rreme, njerëzit mund të merren me njohje të vërtetë. Kjo njohje në esencë themelohet në studimin e fakteve të veçanta konkrete.
Në kundërshtim me aristotelizmin e atëhershëm dominues, që silogjizmin dhe deduksionin e konsideronte parime themelore të njohjes, Bekoni «armën e re» të vet (Novum organon) e bazon para së gjithash në induksion ose më saktësisht në «induksionin e vërtetë», si të vetmen metodë të sigurt të zbulimit të së vërtetës. «Unë ju dhashë armë – thotë Bekoni në Organonin e ri – kurse përmbajtja duhet të merret nga vetë sendet». Qëllimi themelor i induksionit është të zbulojë format që gjenden në themelin e të ashtuquajturave «cilësi të thjeshta» ose «të natyrës së thjeshtë». Sipas Bekonit, forma është ligj i brendshëm i të gjitha objekteve dhe fenomeneve, kështu që njohja e formës mundëson të menduarit aktiv dhe shndërrimin e trupit nga njëra formë në tjetrën. Një varg tabelash dhe konkluzionesh nga këto tabela (të ashtuquajturat tabela të instancave pozitive, tabela të instancave negative, tabela të shkallëve, tabela të instancave prerogative) mundësojnë njohjen e formave. Çdo studim i fenomenit, sipas tij, duhet të niset nga analiza e sendeve të veçanta, në mënyrë që vetëm pastaj të bëhen të përgjithshme dhe të kuptohet gjithë ligjshmëria.
Një nga përcaktimet e qenësishme dhe karakteristike të filozofisë së Bejkënit është edhe qëndrimi i tij kritik radikal lidhur me vëzhgimin teleologjik të natyrës, pra, të vëzhguarit nga pikëpamja e shkaqeve finale, i cili, sipas mendimit të Bekonit nuk është i dobishëm dhe nuk ka kurrfarë rëndësie.
Frensis Bekëoni paraqet në historinë e mendimit njerëzor përpjekjen e parë të themelt që të likuidojë plotësisht skolastikën mesjetare dhe metafizikën spekulative si dhe inaugurimin e guximshëm të epokës së diturive natyrore dhe të hulumtimit konkret eksperimental. Pavarësisht nga orientimi filozofik i tij i njëanshëm (i cili shprehet në mënyrë më plauzibile në refuzimin e plotë të deduksionit), nga një varg paragjykimesh shoqërore – politike, nga të metat dhe dobësitë njerëzore, merita e Bekonit është epokale: ai ishte luftëtar për reformën e diturive natyrore të vërteta dhe për krijimin e një metode të re. Me tezat e veta të guximshme materialiste-empirike, Bejkëni i kontribuoi më shumë se askush para tij çlirimit të mendimit njerëzor nga skemat dogmatike mesjetare dhe u dha orientim ecurive të reja drejt zbulimeve të papara natyrore-shkencore.
