Kalvari i Joklit zë fill në maj të vjetit 1938, atëherë kur nacionalistët e ekstremit të djathtë nazist nisën ta persekutonin e t’i mohonin të drejtat profesionale. I shtyrë prej disa miqsh – ai vendosi t’i drejtohej në vjeshtën e vitit 1939 një lutje Gauleiter-it Bürckel, komisarit të Rajhut për zonën e Ostmarkut, duke i kërkuar njohjen e të drejtave të barabarta me “racat e përziera të gradës së parë”. Lutja nuk u pranua e kështu që Joklit iu mohua e drejta që të konsultonte deri edhe bibliotekën dhe iu revokuan të gjitha privilegjet akademike.
Më 1938 Lasgush Poradeci i drejton një letër qeverisë së kohës. Kërkoi me ngulm që Jokli të vinte në Shqipëri. Lasgushi shihte një varg të mirash që mund të sillte ardhja e Joklit në Shqipëri dhe donte vënien e tij në krye të një Instituti Albanologjik dhe intensifikimin e punëve në të gjitha disiplinat e studimeve shqiptare, duke ditur përkushtimin e rrallë të albanologut më të madh të kohës për Shqipërinë. Shqipëria ishte pushtuar në 7 prill 1939 nga Italia fashiste. Në 12 prill 1939, Viktor Emanueli III u shpall mbret i Shqipërisë dhe shqiptarëve dhe Francesco Jacomoni (ish ambasador i Italisë në Shqipëri) u bë mëkëmbës i tij me të cilin qeveria e re shqiptare kolaboracioniste nën drejtimin e Shefqet Vërlacit, nënshkroi një sërë marrëveshjesh. Kjo ishte situata në vend kur kërkohej shpëtimi i Joklit.
Shqipëria shihej si vend i shpëtimit të tij për shkak të origjinës hebraike. Nga një letër e Fishtës drejtuar Jakomonit mësojmë se Shqipëria ishte vërtet vendi që u tregua i gatshëm ta strehonte, por Jokli kërkonte të nisej drejt Amerikës. Letra drejtuar Jakomonit është e datës 23 shtator 1939. Megjithatë, në Shqipëri, Prof. Jokli pati gjithmonë dashamirë dhe miq të sinqertë. Me rastin e Kuvendit të parë të organizuar prej Institutit të Studimeve Shqiptare, të zhvilluar në Tiranë prej datës 9 deri me 13 prill 1940, ishte ftuar të marrë pjesë edhe “profesor Jokli, albanologu i njohtun izraelít prej Vjenet” – kujton Francesco Jacomoni (shih: La politica dell’Italia in Albania, Cappelli, Rocca San Casciano 1965, fq. 183). Dihet se organizator i atij tubimi të randësishëm ishte ministri fashist Ernest Koliqi. Në nji letër të shkruar në Tiranë me datën 15 prill 1940, Aleksandër Xhuvani ndër të tjera i kumtonte Joklit: “Kemi pasë këto ditë, si do ta marrish vesh, nji Kuvend të parë të studimeve shqiptare, ku u mblodhën Shqiptarë e Italianë shkencëtarë e studimtarë, ndër të cilët edhe Bartoli e Tagliavini. Ju kemi zanë n’gojë shumë herë dhe na vinte keq që s’gjindeshit edhe ju në mes t’onë. Ju kemi dërgue të fala me disa kartolina. Gjithë përpjekjet t’ona rrahin që të të sjellin këtu ose gjetiu të veç, për të vijue punën e studimevet t’ueja, dhe shpresojmë që t’ja dalim në krye kësaj dëshire”. (shih: Jokl Nachlass Autogr. 279/114) Në tetor 1941, Ernest Koliqi iu drejtua me një letër konsullit shqiptar Nikollë Rrota në Vjenë, letër në të cilën e njoftonte se kishte angazhuar profesor Joklin si organizator të bibliotekave të Shqipërisë me një rrogë mujore prej 600 frangash ari. Albanologu mendonte të shkonte në Shqipëri e të merrte me vete edhe bibliotekën e tij personale.
Në vitin 1972 Ernest Koliqi kujtonte në vëllimet e «Shêjzave» sesi Prof. Carlo Tagliavini, albanolog i Universitetit të Padovës, me një «letër kushtrimore» të datës 14 mars 1941 i kërkonte të bënte diçka për Joklin: “…bahet fjalë me shpëtue njeriun. Dëshira e tij kishte me qenë, siç e din, me kalue vjetët që i kanë mbetë (tash âsht 64 vjeç) në Shqipni… Un t’i shkruej këto gjana që të jesh në dijeni të plotë dhe n’emën të miqsisë sonë të vjetër të lutem që të bajsh gjithçka âsht e mujtun; bahet fjalë me shpëtue njeriun, me shpëtue albanologun mâ të madh, i cili mundet me i dhanë ende shumë studimeve shqiptare”. Duhet thënë se prof. Tagliavini e kishte këshilluar Joklin që t’ia falë me anë të një akti zyrtar bibliotekën e tij Shtetit shqiptar, në mënyrë që ta ketë më të lehtë të marrë lejen për të shkuar në Shqipëri. Me 15 mars 1941, konsulli shqiptar në Vjenë, dr. Nikollë Rrota i shkruante Koliqit: “Në rasë të konferencës qi mbajti më 27 fruer v.v. miku i jonë, z. Prof. Tagliavini, e informova hollësisht mbi gjendjen e tmershme në të cilën ndodhet sot Prof. Jokl, kurse rryma e sotshme e Nacizmit ka marrë masa tepër të rrepta kundra çëfutënve […] parashifet qi shpejt do t’instradohet për në Poloni pa pasë mundësí as me e marrë me vehte bibliotekën e tij e as me krye mâ ndonji vepër ditunije.
Siç dihet, biblioteka e tij âsht nji ndër mâ të pasunat dhe mâ të vlefshmet mbi letratyrën shqipe, sikurse mund t’a vërtetojë edhe z. Prof. dr. Ekrem Çabej”. Konsulli Rrota, siç marrim vesh prej një letre të P. Kretschmerit kishte filluar përpjekjet për shpëtimin e Joklit qysh në prill të vitit 1940. Në ketë kohë personalitete të ndryshme të kulturës e politikës europiane dhe të vetë qeverisë shqiptare po bënin çmos për ta shpëtuar Prof. Joklin – duke e ftuar të jetojë e punojë në Shqipërí. Këtë gjë e dëshmojnë letrat e profesorëve Krahe, Kretschmer, Tagliavini, Koliqi, F. Ercole, G. Schiro’ jr., e gjithashtu edhe hapat e marrë në rrugë diplomatike prej ministrit Giuseppe Bottai, prej ambasadorit italian Dino Alfieri në Berlin dhe prej konsullit shqiptar në Vjenë, Dr. Nikollë Rrotës, i cili u përpoq me aq sa mundej edhe mbas vdekjes së Joklit për të ditur diçka për rrethanat tragjike të fundit të tij. “Sa mora letrat e Tagliavinit dhe të Rottës, kujtonte E. Koliqi në vitin 1972, unë fola me Kryeministrin z. Shefqet Vërlaci i cili pranoi menjiherë propozimin t’em me e emnue Jokl-in Organizator t’Arkiveve Shtetnore dhe të Bibliotekave shqiptare.
Mblodhi Këshillin Ministruer, qi njizâni vendosi at emnim. I a dërgova dekretin përkatës Prof. Jokl-it në Vjenë dhe kumtova njikohësisht Tagliavinin dhe Rottën”. Mbas këtyre orvatjeve fillestare, ministri fashist shqiptar Ernest Koliqi do të shkonte apostafat në Romë për të folur për shpejtimin e çështjes së Joklit me ministrin Bottai. Ndërkaq ishin duke u bërë traktativa ndërmjet Ministrisë së jashtme italiane dhe asaj gjermane e Bottai e këshillonte kolegun fashist Koliqi të fliste me Ciano-n, në mënyrë që ky t’i shkruante J. Ribbentropit. Edhe Prof. Eqrem Çabej, i cili ndodhej në Romë në korrik të vitit 1941, mbasi ishte emëruar si përfaqësues i palës shqiptare për hartimin e «Atlantit gjuhësor» për pjesën e arbëreshëve, interesohej në mënyrë aktive për fatin e Joklit. Me 18 tetor të vitit 1941 Prof. Tagliavini i shkruente Koliqit se konsulli Rrota dhe Jokli kanë ndeshur në vështirësi të papritura në marrjen e lejes së kalimit dhe se është nevoja që Mëkambësi Jacomoni t’i shkruante një letër urgjente ambasadorit italian Dino Alfieri në Berlin. Jacomoni e shkroi letrën dhe ia nisi menjiherë ambasadorit italian. Megjithatë, si ministri Bottai ashtu edhe ambasadori Alfieri nuk e përmendin në ditaret dhe kujtimet e veta çështjen e Joklit. Përveç Gestapos, kishte edhe persona të tjerë që nuk donin që Jokli të gjente strehë në Shqipëri, një ndër këta ishte edhe Viktor Christian, dekani i fakultetit të filozofisë në Universitetin e Vjenës. Christian kishte frikë se duke fituar të drejtën të shkonte në Shqipëri, Jokli do të merrte me vete edhe bibliotekën e tij; ndërsa në rastin tjetër, biblioteka e sekuestruar prej nazistëve do t’i kalonte fondit të Universitetit.
Në fakt, dekani i filozofisë Christian, që më vonë do të bëhej rektor i Universitetit, i shkruente SS-Hauptsturmführer-it Brunner se në qoftë se Jokli do të shkonte në Shqipni, biblioteka e tij s’do të mbetej në Vjenë, por në rast se autoritetet do ta internonin në Poloni, dekani i lutej oficerit SS, që biblioteka t’i jepej fakultetit të filozofisë. Nga mbarimi i prillit të vitit 1942, dekani Christian ishte i informuar për internimin e Joklit dhe për faktin që biblioteka e tij – duke i kaluar Universitetit të Vjenës – do të vendosej së shpejti në mjediset e Institutit të Indogjermanistikës ose të atij Oriental. Menjiherë do të interesohej edhe drejtori i përgjithshëm i Bibliotekës Kombtare austriake, Paul Heigl, i cili kërkonte që librat e «çifutit Jokl» të bëheshin pronë e komunitetit të gjerë të studiuesve. Edhe ambasada italiane në Vjenë, në emër të së drejtës që kishte fituar Italia prej pushtimit të Shqipërisë, bënte hapat e saj për marrjen e kësaj biblioteke me përbërje albanologjike. Një ndër gjërat më me vlerë që humbën prej asaj biblioteke, ishte dorëshkrimi i Fjalorit etimologjik të gjuhës shqipe.
